20世纪80年代，根据医药卫生事业发展的需要，人民卫生出版社按卫生部的要求，先后报请卫生部批准出版6种医药卫生类年鉴，《中国药学年鉴》为其中之一。
1982年10月26~29日，人民卫生出版社在南京组织召开了《中国药学年鉴》第一次编委会议。会上正式成立了《中国药学年鉴》编辑委员会，并明确了组织分工；讨论确定了《中国药学年鉴》的性质和要求，明确其是一部历史性、资料性和综合性的药学工具书，应较全面、概括地反映我国药学事业的基本情况和发展概貌，客观记录我国药学工作者的辛勤劳动业绩，必须具有先进性、科学性和系统性，进而具备权威性；同时拟定了本年鉴创刊号（1980~1982）的编写内容，初步落实了编写任务；此外，会议还确定了年鉴的版次规则，明确第一卷年鉴除“概况”为建国30年的内容外，其余各栏目内容均限于1980~1982年内，为三年版。
1982年12月23~27日，按第一次编委会议的决定，在上海召开了第二次编委会议，主要讨论首卷年鉴各栏目编写的细目及具体分工，会上确定编写工作实行各栏目由编委单位分工负责的制度。
1983年5月，在成都召开了第三次编委会审定稿会议，会上对首卷约70万字的稿件进行了审定，确定于7月底交出版社。
此后，相继在1984年4月、1985年1月、1985年8月、1986年3月、1987年4月，分别在北京、南京、上海召开了第一届编委会第4~8次会议，主要开展第2~4卷年鉴的审定稿工作。其中，1984年4月的第4次编委会上，经研究决定成立中国药学年鉴编辑部，编辑部设在南京药学院（即后来的中国药科大学），在编委会和主编单位双重领导下开展工作，行政上隶属于中国药科大学期刊编辑部，编制为2人。
关于年鉴版次的调整，经卫生部批准，第二卷（1983~1984）为双年版；为适应药学科技事业发展的需要，1985年的主编、副主编扩大会上，决定从1985年起，《中国药学年鉴》每年编写一本。1986年9月，卫生部批复同意《中国药学年鉴》改为单年版，字数控制在45万字左右。1988年11月，经主编、副主编讨论，并得到出版社同意后，决定将1988年卷改用1988~1989年号过渡，以使年号表示方式与全国各年鉴同步，同时缩短出书时间。
编委会组织建设方面，根据国家出版局“关于改进年鉴工作的意见”文件精神，1987年着手编委会换届调整准备工作，并在第一届编委会第8次会议上通过了《中国药学年鉴编委会工作条例》。从1988年至2004年，先后进行了第二届至第六届共5次编委会换届工作，编委任期分别为3年或5年。编委会的编委单位从刚成立时的15个增加至第六届的30多个，编委成员从最初的25人增加到60多人，他们均为我国药学界各学科、各行业的专家、教授，是年鉴编纂质量的重要保证。
此后，根据年鉴编纂工作的需要，依次举行了第二届至第六届编委会会议，共计10次，基本上为每年或隔年召开一次。